Nuno (F. B.) Oliveira
Computergestützter Biochemiker
Erfahrungen
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
CpHMD-Container – ein stochastischer Konstant-pH-MD-Container, der allen zur Verfügung steht. (Manuskript in Vorbereitung)
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Verbesserung der Abschätzung der pKa-Werte aller titrierbaren Aminosäuren an der Wasser/Membran-Grenzfläche (Im Begutachtungsprozess)
Autor
Journal of Chemical Theory and Computation
Auf dem Weg zu genauen pH-abhängigen Bindungskonstantenvorhersagen mittels molekularem Docking und Konstant-pH-MD-Berechnungen.
Autor
Biophys. J.
Konstant-pH-MD-Simulationen des protonierungsinduzierten konformationellen Umschaltens in der Translokationsdomäne des Diphtherietoxins
Autor
Pharmacol. Res.
Eine neuartige Kombinationstherapie gegen einen CDDP-resistenten nicht-kleinzelligen Lungenkrebs auf Basis einer Ruthenium(II)-Cyclopentadienyl-Verbindung
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Grenzflächendynamik und Wachstumsmodi von B2-Mikroglobulin-Dimeren
Autor
Journal of Medicinal Chemistry
Bekämpfung der Mehrfachresistenz mit Ruthenium-Cyclopentadienyl-Verbindungen: Aufdeckung des Mechanismus der P-gp-Hemmung
Autor
Toxins
Histidinprotonierung und Konformationsumschaltung in der Translokationsdomäne des Diphtherie-Toxins
Autor
J. Chem. Inf. Model.
MembIT - ein Werkzeug zur Berechnung von Solut-Membraneinfügungen und -verformungen in Molekulardynamik-Simulationen
Autor
Journal of Chemical Information and Modeling
Neues US-CpHMD-Protokoll zur Untersuchung des protonierungsabhängigen Mechanismus des ATP/ADP-Carriers
Autor
Computational and Structural Biotechnology Journal
Vorhersage stabiler Bindungsmodi aus simulierten Dimeren des D76N-Mutanten des B2-Mikroglobulins
Autor
Springer US
pKa-Berechnungen in Membranproteinen in Methoden der Molekularbiologie: Computational Design of Membrane Proteins, Band 2315, Herausgeber: Irina Moreira, Joana Mourão, Miguel Machuqueiro. Im Druck.
Autor
Journal of Chemical Theory and Computation
Verbesserte GROMOS 54A7-Ladungssätze für phosphorylierte Tyr-, Ser- und Thr-Reste zur Behandlung pH-abhängiger Bindungsphänomene
Branchenerfahrung
Sehen Sie, in welchen Branchen dieser Freiberufler den Großteil seiner beruflichen Laufbahn verbracht hat.
Erfahren in Biotechnologie, Chemie und Pharmazeutika.
Erfahrung nach Fachbereich
Zeigt, in welchen Abteilungen und Funktionen dieser Freelancer am meisten mitgewirkt hat.
Erfahren in Forschung und Entwicklung (F&E).
Zusammenfassung
Computergestützter Biochemiker, derzeit im Machuqueiro Computational Biophysics Lab tätig, spezialisiert auf konstantes-pH-MD, erweiterte Sampling-Methoden, Membranbiophysik und KI-gestützte Peptid-/Wirkstoff-Entwicklung.
Erfahren in der Anwendung computergestützter Techniken auf gesundheitsbezogene Fragestellungen, in der Kraftfeldentwicklung und in interdisziplinärer Zusammenarbeit zwischen Rechen- und Nasslaborteams.
Fähigkeiten
Programmierung & Werkzeuge
- Python, Bash, Awk, Sed
- Docker- & Singularity-containerisierung
- Git, Linux/unix-umgebungen
- Integration Von Ki/ml-modellen Für Wirkstoff-/peptiddesign
Modellierungs- & Simulationswerkzeuge
- Md, Erweitertes Sampling (Us, Reus), Stochastisches Cphmd
- Gromacs-, Amber-, Charmm- Und Gromos-kraftfelder
- Docking (Autodock, Haddock)
- Kontinuum-elektrostatik, Modellierung Von Membransystemen
Fachgebiete
- Ph-abhängiges Protein-/wirkstoffverhalten
- Biophysik Biologischer Membranen
- Peptidbinder-design
- Konformationelle Dynamik Von Proteinen
Sprachen
Ausbildung
Universität Lissabon
Ph.D. in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Universität Lissabon
MSc in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Universität Lissabon
BSc in Biochemie · Biochemie · Lisbon, Portugal
Statistiken
Erfahrung
Fachkenntnisse
Qualifikationen
Profil
Häufig gestellte Fragen
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